Dinas Pendidikan Kota Pekalongan berdiri pada tanggal 5 Januari 1975. Awalnya diberi nama Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kotamadya Pekalongan, dipimpin oleh seorang Kepala yang dipimpin oleh Bapak Dirwan beralamat di Jalan Maninjau No. 16 Kotamadya Pekalongan. Pada saat itu Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kotamadya Pekalongan dibawah koordinasi Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Propinsi Jawa Tengah, mempunyai tugas dan fungsi sebagai pengelola dan pembina pendidikan jenjang TK, SD, SMP, se-Kotamadya Pekalongan. Pada tahun 1997 nama Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kotamadya Pekalongan diganti namanya menjadi Kantor Departemen Pendidikan Nasional, dengan Kepala Kantor masih dijabat oleh Drs. Bambang Sunarjo.