SD Islam Kramatsari berdiri sejak tanggal 10 Januari 1955 yang waktu itu didirikan oleh beberapa orang yang tergabung dalam Yayasan Al-Muslimun yang sekretariatnya berada di jalan Gajah Mada Pekalongan. Secara Operasional SD Islam Kramatsari dinyatakan dalam SK tahun 1958. SD Islam Kramatsari beralamat di Jalan Kramatsari II Gang 8 No. 74 Kelurahan Kramatsari Kecamatan Pekalongan Barat Kota Pekalongan. Namun dalam perkembangannya lambat laun Yayasan Al Muslimun ini sudah lama vakum karena beberapa pendirinya sudah meninggal dan beberapa sebab lainnya. Dan ini ditangkap oleh pengurus SD Islam Kramatsari bahwa kondisi seperti ini akan berdampak pada keabsahan dan legalitas bagi lembaga ini dan para lulusan SD Islam Kramatsari. Karena berdasarkan Undang-undang semua sekolah harus berbadan hukum (yang dimaksud adalah Yayasan). Sehingga karenanya pilihan yang harus ditempuh adalah bergabung di Muhammadiyah. Karena Muhammadiyah tidak akan bubar kecuali di bubarkan atau membubarkan diri.
Tepat pada pukul 10.00 wib hari Kamis 23 Mei 2013. Bergabungnya SD Islam Kramatsari ke Persyarikatan Muhammadiyah Kota Pekalongan dimulai. Acara ini di hadiri oleh Ketua Pimpinan Daerah Muhammadiyah Kota Pekalongan beserta anggota pleno, Pimpinan Cabang Muhammadiyah Pekalongan Barat, Majelis Dikdasmen PDM Kota Pekalongan, Pimpinan Ranting Muhammadiyah Kramatsari, Pimpinan Daerah Aisyiyah Kota Pekalongan, Seluruh Penguru SD Islam Kramatsari, Kepala TK ABA Kramatsari, Guru dan karyawan SD Islam Kramatsari dan beberapa perwakilan dari wali murid SD Islam Kramatsari.
Dengan bergabungnya SD Islam Kramatsari ke persyarikatan Muhammadyah tentu mengubah nomenklatur nama SD Islam Kramatsari. Sehingga sejak tanggal 23 Mei 2013 SD Islam Kramatsari berubah menjadi SD Muhammadiyah Kramatsari.
SD Muhammadiyah Kramatsari terletak di Jl. Kramatsari II Gang 8 No. 74 Kelurahan Pasirkratonkramat Kecamatan Pekalongan Barat Kota Pekalongan Propinsi Jawa Tengah